我觉得基本可以认为，这一世代的每款游戏机都带有了某种交互界面。 NDS继承了以轻量级API为基础的操作系统模型，以简化I/O访问；但同时也提供了一个精简的用户界面，以供调整设置或者运行"应用程序"。
话虽如此，它的操作系统分散在多个芯片中。让我们从启动时读取的芯片开始。
入口点（Entry point）
在某一时刻，ARM7和ARM9将需要初始化硬件。NTR-CPU包括两个不同的小型ROM芯片来做这件事：
- 一个连接到ARM9总线的4 KB BIOS。
- 一个连接到ARM7总线的16 KB BIOS。
当掌机启动时，每个CPU从各自的ROM启动引导。 这是因为它们的复位向量（reset vector）指向每个芯片（作为参考，ARM9的向量位于0xFFFF0000，而ARM7的向量位于0x00000000）。
继续推进，两个BIOS都存储两组例程：引导代码和中断调用。 考虑到前代掌机的历史，后者我们并不陌生，然而前者的复杂度却增加了：除了硬件初始化之外，ARM7的代码还将对DS卡带（如果插入了的话）进行一些检查来确保安全性。
运行引导代码后，两个CPU将同步，以便它们可以开始充当"单个机器"：事实证明，ARM9的加载完成要比ARM7快得多。于是ARM9向ARM7发送一个4比特值，在半无限循环中阻塞等待ARM7的响应。一旦ARM7响应，两者同时"越过终点线"，也就是说，它们现在同步了。
机会之窗
如果您现在拥有或者曾经拥有NDS，您可能会注意到只能在游戏机开机前插入卡带才能玩游戏。 这是因为ARM7的BIOS在启动时对卡带进行了一些检查（更多详情参见最后一节），如果所有测试都通过，ARM7的游戏可执行程序将被复制到WRAM，ARM9的程序则被复制到主内存。
如果出于某些原因未能复制可执行文件（卡带无效或在启动时未找到可执行文件），则无法启动游戏。用户将不得不重置游戏机才能玩游戏。
交互界面
无论是否插卡，系统都将加载交互界面完成引导。 这只是一个驻留在外部256 KB闪存存储器上的程序。
主界面。
每次NDS开机时都会看到此界面。 在有效插入一张卡时"Nintendo" logo会显示出来。
设置界面。
存储界面的芯片还存储着固件、一些用户设置（语言、昵称、生日、闹钟和欢迎消息）以及一些系统设置（触摸屏校准、首次启动标志、固件版本和Wi-Fi设置）。
这个界面与其他同期的游戏机界面基本上差不多。 用户依靠它来启动游戏、更改设置、下载游戏（使用"Download Play"功能）或者玩玩Pictochat：一个开放的聊天室软件，可以与附近的NDS交流。
值得强调的是，只读数据和可写数据都驻留在同一个可重写的芯片中，因此理论上固件可以被覆盖！ 幸运的是（或者出于显而易见的原因），任天堂在主板上的一个点（称为SL1）上放置了跳线来保护芯片的上四分之一（64 KB）不被写入，拆卸电池仓后可以看到这个点。 然而，仍然可以覆盖闪存的其余部分，虽然结果也是灾难性的！
可更新性
任天堂为了修复一些安全漏洞，曾多次更新这个固件（确切地说是5次）。 用户无法自行安装这些更新（回想一下SL1的保护）。 但是，任天堂在下一批生产的产品中嵌入了更新后的固件。