主板上有一个128 KB的"系统"ROM，这相当于典型的BIOS，提供了以下功能：
- 引导加载程序，用于初始化硬件、执行自检并启动引导动画。
- 配置界面（仅限MVS型号）。
- 许多系统例程，用于抽象化硬件操作。
视觉服务
在打开游戏机后，用户会注意到一个称为"Eyecatcher"的启动画面。 它的代码存储在系统ROM中，但图形资源（如Neo Geo标志和其他标签）则从卡带的C ROM和S ROM中获取。
另外，P ROM的头部可能包含一个标志，指示系统ROM将启动画面程序委托给卡带。 这仅适用于AES版本，而后期的游戏采用了这种方式来显示不同的文本。
由系统ROM实现的眼球捕捉画面。 它仍然依赖于卡带提供的图块。 官方实现显示了具有标志性的"Max 330 Mega"子标题，以此来展示Neo Geo卡带的理论存储容量。 后期的游戏通过使用标志，则显示为"Giga Power"。
Mvs系统还提供了一个测试菜单来配置机柜（例如调整日历、测试组件等）。
MVS系统还提供了一个测试菜单来配置机柜（例如调整日历、测试组件等）。 这个菜单通过翻转MVS上的一个DIP开关触发（终端用户无法访问）。 因此，其主板捆绑了一个S ROM，用于存储该菜单的固定
系统例程
除了视觉方面，系统ROM还提供了操作硬件的软件例程，这包括：
- 从控制器获取按键输入，并且在MVS的情况下还包括硬币投入口。
- 访问记忆卡。
- 初始化VRAM以便为精灵块和固定图块地图建立正确的结构。
有趣的是，系统例程反过来可能会调用游戏例程以继续某些操作。 这意味着游戏也需要负责实现某些调用 。 例如，系统ROM可能会要求游戏执行以下操作：
- 显示自定义的Eyecatcher动画（如果设置了所需标志）。
- 显示游戏启动动画。
- 开始游戏演示。 这是你在投入硬币之前看到的内容。
- 播放"投入硬币"的声音。
- 在投入足够的硬币后开始游戏。
如您所见，大部分低端I/O操作都委托给了系统ROM，而游戏则专注于提供其独特的内容。