一般来说，与其他游戏机制造商在使用CD-ROM时不得不不断进行的"猫捉老鼠"游戏相比，使用专有卡带对破解者来说是一个很大的障碍。
为了打击盗版卡带（未经授权的复制品），GBA的BIOS加入了与初代Game Boy相同的启动检查功能。
烧录卡
随着固态存储变得越来越经济实惠，市场上出现了一种新型卡带。 烧录卡与普通的卡带外观相似，但增加了一个可重复写入的存储器或一个卡槽。 这样，用户就可以在游戏机内启动游戏ROM文件。 实际上，这个概念并不新鲜，开发人员在内部就使用过类似的工具，在真正的游戏机上测试他们的游戏（制造商提供了实现这一功能的硬件）。
早期的解决方案包括一个可烧录的NOR Flash闪存（最多32 MB）和一些电池后背供电的SRAM。 为了将二进制文件上传到卡带中，卡带随附了一根链接到USB的电缆，可与GBA和运行Windows XP的PC配合使用。通过使用专有的闪存软件和驱动程序，电脑将多重启动程序上传到 GBA，再由 GBA 将游戏二进制文件从电脑传输到闪存卡（插入 GBA 中）。总之，上传游戏的整个过程被认为过于缓慢。后来的闪存卡（如 "EZ-Flash"）提供了更大的存储空间，并且无需 GBA 作为中间媒介即可进行编程[29]。最后的闪存卡依赖于可移动存储器（SD、MiniSD、MicroSD 或其他）。 通过使用专有的烧录软件和驱动程序，电脑将多重启动程序上传到GBA，再由GBA将游戏二进制文件从电脑传输到烧录卡（插入GBA中）。 总之，上传游戏的整个过程被认为过于缓慢。 后来的烧录卡（如"EZ-Flash"）提供了更大的存储空间，并且无需GBA作为中间媒介即可进行编程。 后一种烧录卡依赖于可移除存储器（SD、MiniSD、MicroSD或其他）。
事实证明，这些存储卡的商业应用是一个法律的灰色地带： 任天堂谴责使用这种卡会导致盗版，而一些用户则辩解说这是运行自制程序（在游戏工作室之外制作的程序，因此未经任天堂批准）的唯一方法。 支持任天堂论点的事实是，EZ-Writer等闪存盘可以帮助用户修补游戏ROM，使其可以在EZ-Flash卡中顺利运行。 在任天堂的法律尝试之后，这些卡带在一些国家（如英国）被禁止使用。 尽管如此，它们在全球范围内依然存在。