В целом, использование проприетарных картриджей было большим препятствием по сравнению с постоянной игрой в кошки-мышки, с которой приходилось бороться другим производителям консолей при использовании CD-ROM.
Для борьбы с подделками картриджей (несанкционированными копиями) в BIOS GBA были встроены те же проверки загрузки, что и в оригинальном Game Boy.
Флеш-картриджи
По мере того как твердотельные накопители становились все более доступными, на рынке появился новый тип картриджей. Флэш-картриджи выглядели как обычные Game Pak-и, но имели дополнительную перезаписываемую память или слот для карт памяти. Это позволяет пользователям играть с ROM-файлов в консоли. Концепция на самом деле не нова, разработчики издревле использовали подобные инструменты для тестирования своих игр на реальной консоли (а производители предоставляли аппаратное обеспечение для этого).
Более ранние решения включали прошиваемую флэш память на технологии NOR (до 32 МБ) и некоторые SRAM с питанием от батареи. Для загрузки двоичных файлов на картридж в комплекте поставлялся кабель Link-to-USB, который использовался с GBA и ПК под управлением Windows XP. С помощью фирменной программы для прошивки и драйверов компьютер загружал в GBA программу multi-boot, которая, в свою очередь, использовалась для передачи бинарного файла игры с ПК на Flashcart (вставленный в GBA). В целом, весь процесс загрузки игры считался слишком медленным. Более поздние флэш-карты (например, "EZ-Flash") предлагали больший объем памяти и возможность прошивки картриджа без использования GBA в качестве промежуточного устройства . Последние полагались на съемные накопители (SD, MiniSD, MicroSD или любые другие).
Коммерческая доступность этих карт оказалась серой правовой зоной: Nintendo осуждала их использование из-за возможности пиратства, в то время как некоторые пользователи защищали, что это единственный способ запуска Homebrew (программ, созданных вне игровых студий и, следовательно, без одобрения Nintendo). Аргумент Nintendo был подкреплен тем, что такие прошивальщики, как EZ-Writer, помогали пользователям патчить игровые ПЗУ, чтобы они могли без проблем запускаться в картриджах EZ-Flash. После юридических попыток Nintendo эти картриджи были запрещены в некоторых странах (например, в Великобритании). Тем не менее они всё равно продаются по всему миру.