Como o Super Nintendo, a Nintendo mais uma vez se tornou a única autoridade na distribuição dos jogos. Assim, em uma tentativa de fazer cumprir as regras da empresa, os engenheiros desenvolveram três camadas diferentes para proteger os cartuchos contra distribuição por terceiros (e, consequentemente, evitar a violação dos direitos autorais).
Em primeiro lugar, o formato dos cartuchos é diferente entre as regiões, para que eles não encaixem com consoles de regiões diferentes. De qualquer forma, qualquer pessoa poderia facilmente contornar isso usando um adaptador de terceiros.
Em segundo lugar, o console, assim como o NES, ainda incorpora o sistema de proteção 10NES para impedir a distribuição não autorizada. De qualquer forma, o chip CIC acabou sendo clonado.
Como camada final (feita especialmente para proteger contra pirataria), os jogos também incluíam uma cadeia de verificações de pirataria, como:
- Comparar o tamanho do SRAM (as cópias piratas normalmente incluem grandes blocos de SRAM para funcionar com qualquer tipo de jogo).
- Uma série de checksums no código para verificar se a comparação anterior foi removida. Essas verificações seriam dispersas em diferentes partes do jogo, tornando-as difíceis de encontrar.
Isso poderia ser anulado removendo manualmente essas rotinas, mas, naturalmente, levaria um tempo significativo para encontrar todas. Afinal, elas seriam espalhadas pelo jogo apenas para frustrar o jogador (e eventualmente fazê-los comprar uma cópia legítima). Verdade seja dita, você notará que a maioria das ROMs encontradas na internet teve todas as suas verificações de pirataria removidas.