Ogólnie rzecz biorąc, używanie zastrzeżonych kartridży stanowiło dużą barierę w porównaniu z ciągłą grą w kotka i myszkę, z którą musieli walczyć inni producenci konsol podczas korzystania z CD-ROM-u.
Aby walczyć z bootlegami (nieautoryzowanymi reprodukcjami), BIOS GBA wbudował ten sam proces sprawdzania podczasu uruchamiania, który można znaleźć w oryginalnym Game Boy'u.
Flashcarty
Gdy pamięć masowa stała się bardziej przystępna cenowo, na rynku pojawił się nowy typ kartridża. Flashcarty wyglądały jak zwykłe Game Pak'i, ale miały pamięć wielokrotnego zapisu lub gniazdo kart pamięci. Umożliwiło to użytkownikom odtwarzanie plików ROM gier na konsoli. Koncepcja ta nie jest w rzeczywistości nowa, deweloperzy stosowali wewnętrznie podobne narzędzia do testowania swoich gier na prawdziwej konsoli (i producenci dostarczyli sprzęt, aby to umożliwić).
Wcześniejsze rozwiązania obejmowały wypalaną pamięć NOR Flash (do 32 MB) i zasilany bateryjnie SRAM. Aby załadować pliki binarne do kartridża, był on dostarczany z kablem Link-to-USB, który był używany z GBA i komputerem PC z systemem Windows XP. Korzystając z autorskiego oprogramowania i sterowników do flashowania chipów, komputer wgrywał do GBA program multi-boot, który z kolei posłużył do przesłania pliku binarnego gry z komputera PC do Flashcarta (włożonego do GBA). Ogólnie rzecz biorąc, całe zadanie przesyłania gry zostało uznane za zbyt powolne. Późniejsze Flashcarty (takie jak 'EZ-Flash') oferowały większą pamięć i możliwość programowania bez konieczności używania GBA jako pośrednika . Te ostatnie opierały się na pamięci wymiennej (SD, MiniSD, MicroSD lub cokolwiek innego).
Dostępność komercyjna tych kartridży okazała się prawną szarą strefą: Nintendo potępiło ich używanie ze względu na umożliwienie piractwa, podczas gdy niektórzy użytkownicy bronili, że jest to jedyna metoda uruchamiania Homebrew (programów stworzonych poza studiami gier, a co za tym idzie bez zgody Nintendo). Argument Nintendo był poparty faktem, że flashery, takie jak EZ-Writer, pomagały użytkownikom w łataniu ROM-ów z grami, aby mogły bez problemów działać w kartridża EZ-Flash. Po bataliach prawnych Nintendo kartridże te zostały zakazane w niektórych krajach (np. Wielkiej Brytanii). Niemniej jednak przetrwały na całym świecie.