En términos generales, el uso de cartuchos propietarios supuso una gran barrera en comparación con el constante juego del gato y el ratón al que tuvieron que enfrentarse otros fabricantes de consolas al recurrir al formato CD-ROM.
Para luchar contra los cartuchos bootleg (reproducciones no autorizadas), la BIOS de la GBA incorporaba las mismas comprobaciones de arranque que se encontraban en la Game Boy original.
Flashcarts
A medida que el almacenamiento en estado sólido se hacía más asequible, apareció en el mercado un nuevo tipo de cartucho. Los flashcarts parecían Game Paks normales pero incluían una memoria regrabable o una ranura para tarjetas. Esto permitía a los usuarios ejecutar archivos ROM de juegos en la consola. En realidad, el concepto no era nuevo: los desarrolladores llevaban tiempo usando herramientas similares de manera interna para probar sus juegos en hardware real (y los fabricantes les proporcionaban el equipo necesario para ello).
Las soluciones anteriores incluían memoria NOR Flash grabable (hasta 32 MB) y SRAM con batería de respaldo. Para cargar los binarios en el cartucho, la caja incluía un cable Link-to-USB para usar con una GBA y un PC con Windows XP. Con software de flasheo y controladores patentados, el ordenador cargaba un programa Multi-boot en la GBA, que a su vez transfería un binario del PC al flashcart (insertado en la GBA). En general, toda la tarea de cargar un juego se consideró demasiado lenta. Los flashcarts posteriores (como el 'EZ-Flash') ofrecían mayor almacenamiento y podían programarse sin necesidad de la GBA como intermediario . Los modelos más recientes migraron a almacenamiento extraíble (SD, MiniSD, MicroSD y demás).
La disponibilidad comercial de estas tarjetas resultó ser un área legal gris: Nintendo condenó su uso por permitir la piratería, mientras que algunos usuarios defendieron que era el único método para ejecutar Homebrew (programas producidos fuera de los estudios de juegos y, en consecuencia, sin la aprobación de Nintendo). El argumento de Nintendo se apoyaba en el hecho de que los flashers como el EZ-Writer ayudaban a los usuarios a parchear las ROM de los juegos para que pudieran ejecutarse en los cartuchos EZ-Flash sin problemas. Tras las acciones legales de Nintendo, estos cartuchos fueron prohibidos en algunos países (como el Reino Unido). No obstante, persistieron en todo el mundo.